Quando temos alguma experiência traumática, parece que o cérebro não consegue processar o evento e o incidente permanece armazenado como uma espécie de "nó neurológico”. As memórias são armazenadas no cérebro com todas as imagens, sons, pensamentos e sentimentos que a acompanham. Tais memórias costumam ter um efeito negativo e duradouro sobre o modo como uma pessoa vê o mundo e se relaciona com os outros, interferindo de forma marcante em sua vida. É como se a pessoa ficasse “congelada” no passado tendo reações disfuncionais em situações presentes que não deveriam acontecer.

O Método permite a estimulação dos hemisférios cerebrais onde as lembranças dolorosas são armazenadas. Parte-se do princípio de que nós possuímos um sistema inato de processamento de informações e as patologias decorrem de um bloqueio nesse sistema. Nosso cérebro possui recursos para realizar a cura de suas feridas emocionais, da mesma forma que nosso corpo cura nossas feridas físicas. O processo de EMDR direciona nosso cérebro para a cura, sendo o psicólogo um facilitador desse processo.

Durante a sessão de EMDR, o cliente recorda um episódio perturbador do passado enquanto o psicólogo vai realizando a estimulação bilateral, que pode ser visual, auditiva ou tátil. Os estímulos bilaterais parecem desbloquear o sistema nervoso, permitindo que o cérebro reprocesse a experiência difícil e lhe atribua um novo significado que permite a transmutação de emoções e crenças negativas (exemplo: “não tenho valor” ou “sou culpada pelo que aconteceu”) em crenças positivas (“Eu tenho valor”; “Fiz o melhor que pude”) e consequentemente a adoção de comportamentos mais adaptativos. A estimulação bilateral ajuda a processar o material não consciente à semelhança do que acontece no sono REM (Rapid Eye Movement), período de rápidos movimentos oculares.